Waarom zoeken in PubMed?
Hoe zoeken in PubMed?
Je kan in PubMed zoeken met vrije tekstwoorden (zie Automatic Term Mapping en Zoeken via Tags). Bovendien kan je zoeken met behulp van MeSH-termen, de trefwoorden van de thesaurus (zie Zoeken via MeSH-termen). Een goede zoekactie bestaat echter uit de combinatie van beide (zie Zoeken via vrije tekstwoorden én MeSH-termen).
In PubMed kunnen volgende Booleaanse operatoren gebruikt worden om je zoekopdracht op te stellen:
- AND: alle termen moeten voorkomen. Bij een standaard zoekopdracht wordt AND automatisch tussen je zoektermen geplaatst.
- OR: één van de termen moet voorkomen.
- NOT: deze term mag niet voorkomen.
In PubMed maak je gebruik van dubbele aanhalingstekens om te zoeken naar een exact woord of woordcombinatie bijv. “cardiovascular disease”. Het gebruik van ronde haakjes wijzigt de volgorde van het uitvoeren van de AND-, OR-, en NOT-combinaties. Dit laatste wordt ook wel ‘nesting’ genoemd.
Bij het ingeven van een zoekterm – zonder tags en aanhalingstekens – wordt standaard gezocht op zowel vrije tekstwoorden als op MeSH-termen, trefwoorden van de gecontroleerde thesaurus.
Via Details – die je vanop de Advanced Search kan bekijken – kan je nagaan hoe PubMed via Automatic Term Mapping je zoekterm(en) vertaalt met behulp van operatoren en tags.
Via tags geef je zelf aan in welke velden je zoekterm moet voorkomen. De tags of veldcodes worden tussen vierkante haakjes genoteerd en volgen op de zoekterm bijv. hypotension[All fields]. Standaard (bijv. via Automatic Term Mapping) wordt de tag [All fields] toegevoegd. Hou er rekening mee dat m.b.v. deze tag de zoekterm ook in de auteursnaam of affiliatie kan voorkomen (maar nooit in de full text). Indien je echter de tag [TIAB] gebruikt, beperk je de zoekresultaten tot diegene waarbij de zoektermen uitsluitend in de titel, het abstract en/of the author keywords voorkomen.
Een overzicht van de tags of veldcodes in PubMed vind je hier.
In MEDLINE worden trefwoorden per artikel toegekend, de zogenaamde MeSH of Medical Subject Headings.
MeSH-termen zijn doorzoekbaar via de MeSH-databank.
Op de detailpagina van een MeSH-term vind je enkele bouwstenen voor je zoekopdracht:
- Subheading: indexterm die een aspect van een MeSH-term belicht.
- Major Topic: MeSH-term als hoofdonderwerp geïndexeerd.
- Plaats van de term in de boomstructuur, met aanduiding van MeSH-termen hoger en lager in de hiërarchie. Bij een standaard zoekopdracht worden alle onderliggende trefwoorden meegenomen, maar hier heb je de mogelijkheid om deze optie uit te schakelen indien dit inhoudelijk relevant zou zijn.
TIP: Key articles kunnen een bron van MeSH-termen zijn, die bruikbaar zijn voor verdere zoekopdrachten.
Zoeken op MeSH-termen heeft als voordeel dat het artikel over het onderwerp handelt (ongeacht hoe de auteur het onderwerp beschreven heeft). Bovendien leidt het je ook naar artikels zonder abstract. Het is aangeraden om deze zoekactie te combineren met vrije tekstwoorden, zodat artikels die (nog) niet van trefwoorden voorzien zijn uit je zoekopdracht komen. Het kan nuttig zijn om bij die tweede zoekactie de tag [TIAB] aan je zoekterm(en) toe te voegen, zodat de zoektermen uitsluitend in de inhoudelijk relevante velden nl. titel, abstract en/of author keywords mogen voorkomen.
In de Advanced Search Builder kan je een zoekstrategie opbouwen. Via de Add terms to the query box-optie, kan je tags of veldcodes gaan toevoegen aan je zoekterm(en). In de Query box kan je je zoekstrategie opbouwen aan de hand van verschillende zoektermen en Booleaanse operatoren.
De eerder ingevoerde zoektermen worden onder History bewaard. Vanuit History kan je ze met (een) nieuwe zoekterm(en) combineren.
De zoekresultaten verfijnen kan je door in de linkerkolom te filteren op: Text Availability, Article Attribute, Article Type, Publication Date and Journal Category.
Bijkomende filters of opties van een standaard filter kan je toevoegen via ‘Additional Filters’. Na het toevoegen, dien je de filter nog te activeren via de check box voor de filter.
Tip: na inloggen via MyNCBI, kan je je persoonlijke filters bovenaan in de linkerkolom zien en aanpassen. Je kan er bijvoorbeeld een veel gebruikte zoekblok (die van toepassing is op jouw onderzoeksdomein) toevoegen, zodanig je die altijd kan activeren tijdens het zoeken in PubMed.
- Gebruik de truncatie operator nl. de asterisk (*) om variabiliteit toe te laten voor meerdere karakters in je zoekopdracht. Deze operator gebruik je als vervanging van 0 of meerdere tekens en kan je in een woord of woordencombinatie gebruiken. Voorbeeld: de zoekopdracht “vaccin* schedul*” zal resultaten voor “vaccine schedule”, “vaccine scheduling”, “vaccination schedules”, enz. weergeven. Je kan ook meerdere keren de truncatie operator gebruiken in een woord, bijv. organi*ation* voor organisation en organizations. Let wel, je moet minstens 4 tekens gebruiken voor je de truncatie operator kan toevoegen, zo zal colo* wel correct toegepast worden, maar col* niet.
- Gebruik de nabijheidsoperator “zoekterm”[veld:~N] om aan te geven dat je zoektermen op een bepaalde afstand (cf. cijfer n) moeten voorkomen in bijv. titel of title/abstract. Geef aan wat het maximale aantal woorden moet zijn. De woorden worden gezocht in willekeurige volgorde.
- Opgelet! De nabijheidsoperator kan je niet in combinatie met truncatie (de asterisk *) gebruiken, wél in combinatie met een boolean-operator.
- Voorbeeld 1: de zoekopdracht “test bias”[title/abstract:~4] zal zowel resultaten voor ‘test bias’ als ‘test for publication bias’ weergeven.
- Voorbeeld 2: “standard care”[tiab:~2] AND “hip pain”[tiab:~2] zal zowel resultaten geven waar ‘standard care’ als ‘standard of care’ in één artikel voorkomen met ‘hip pain’ als ‘pain in hip’
- In PubMed kan je op eenvoudige wijze gerelateerde artikels bekijken nl. via Similar Articles, aan de rechterzijde van een detailpagina van een record.
- Ga zeker ook op zoek in de databank Embase, de Europese tegenhanger van PubMed. Zowel PubMed als Embase hebben over de meeste onderwerpen een aantal unieke referenties, aangezien je via beide de MEDLINE databank doorzoekt. Meer informatie vind je hier.
- Wanneer je via een auteursnaam zoekt, voer je eerst de familienaam en vervolgens één of meer initialen in.
- Ben je op zoek naar één artikel waarvan je de titel kent? Kopieer en plak die in de Single Citation Matcher op de PubMed-homepagina.
Met PubCrawler en MyNCBI kun je op de hoogte blijven van nieuwe artikels over je onderwerp. Voor beide services moet je een account aanmaken, maar het gebruik ervan is gratis. Het werkt vooral goed als je een specifieke zoekstrategie formuleert, zodat je niet wordt overladen. De resultaten zijn op de websites te zien, maar kunnen ook naar je mailadres gestuurd worden. Alerts creëren via MyNCBI kan eenvoudig tijdens het zoeken in PubMed. Bij PubCrawler kan je ook updates krijgen van artikels gerelateerd aan één specifiek artikel.
Koppeling met EndNote
Bekijk hier de instructievideo.
Wil je één of meerdere referenties in je persoonlijke EndNote library overnemen, selecteer ze dan in de lijst van zoekresultaten. Kies vervolgens voor Send to > Citation manager. Er wordt een nbib file gemaakt wat je kan openen wanneer je EndNote geopend is. Artikels worden dan automatisch geïmporteerd in je EndNote library.
Tip: Wanneer je EndNote via Athena gebruikt, dan dien je ook de PubMed via een browers op Athena geopend te hebben om rechtstreekse import mogelijk te maken.
Het maximum aantal referenties die je in 1 beweging naar je EndNote library kan importeren, is 10.000.
Bijkomende informatie / opleidingen georganiseerd door het KCGG
Bekijk de tutorial en/of de Frequently Asked Questions, of contacteer het KCGG met al je vragen over PubMed.
Een overzicht van de geplande opleidingen over PubMed vind je hier. Staat er op korte termijn geen opleiding gepland of heb je interesse in een opleiding op maat? Contacteer dan het KCGG.